- バイオレット (2001年9月14日〜)
- ブラック (2001年11月21日〜)
- オレンジ (2001年11月21日〜)
- シルバー (2002年12月1日〜)
限定販売品
- 阪神タイガース 2003年優勝記念限定モデルカラー
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同梱品:ゲームボーイプレーヤー、阪神タイガースユニフォーム、限定ネームパネル
- シンフォニックグリーン
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同梱品:『テイルズオブシンフォニア』、メモリーカード、ゲームボーイプレーヤー、限定ネームパネル
- メタルギアソリッド ザ・ツインスネークス プレミアムパッケージ
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同梱品:『メタルギアソリッド ザ・ツインスネークス』、メタルギア、限定版ブックレット、限定ネームパネル
- スターライトゴールド
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同梱品:通常のゲームキューブと同じ
- シャア専用カラー
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同梱品:ゲームボーイプレーヤー、『機動戦士ガンダム 戦士達の軌跡』スペシャルディスク、MS-06C ZAKU II、限定ネームパネル