- SCPH-10000台
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本体の形式がSCPH-10000台からSCPH-30000台に上がる際、動作仕様に変更があった。といっても、どちらもソニーの公開する「仕様」通りに動作する事は変わりが無いのだが、10000台の本体には、一部仕様外の挙動をする箇所が有った(バグ)。PS2発売当初に開発された一部のゲームが、この仕様外の挙動に依存したプログラムになっていたため、10000台の本体では「問題なく」動作するのに、30000台以降で不具合が生じる結果を招いた。
なお、その後に開発されたにも関わらず、(開発環境に10000台系の本体を使用していたためか?)10000台のみ「問題なく」動作し、その後の本体で不具合が生じるゲームが僅かだが存在する。(メタルギアソリッド3など)
- SCPH-50000台以降
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i.Link(IEEE1394)端子が無くなったため、グランツーリスモ3A-spec等i.Linkを使って対戦する事が不可能になった。
- SCPH-70000以降
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HDDが搭載できないため、ファイナルファンタジーXI、信長の野望Online等のHDDにインストールする必要のあるゲームが出来無くなった。
- SCPH-75000以降
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SCPH-75000/77000では、鉄拳5などの一部のソフトで正常作動しないソフトが存在する互換性の問題があり、それらについてはSCEの公式発表として『SCPH-70000シリーズ以前の「プレイステーション2」または「プレイステーション」をご使用いただきますようお願い申し上げます』との告知があった。
なお、2006年9月15日に発売されたSCPH-77000シリーズにおいて、一部互換性が保てなかった鉄拳5を含むタイトルの再生互換が確認された(2006年9月時点では一部のPS2タイトル中心に改善)。